肝素是一種硫酸化的天然黏多糖類物質，廣泛存在於人和哺乳動物組織中，具有抗凝血作用。肝素由緊靠血管的肥大細胞產生，常以蛋白聚糖單位的形式存在，其化學結構由右旋葡萄糖醛酸和右旋葡萄糖胺交替連接而成，分子量分佈5000～30000，平均分子量20000；
臨床上使用的肝素是從健康生豬小腸粘膜中提取純化而來。臨床上通常使用肝素的鈉鹽和鈣鹽，以肝素鈉為主；
肝素具有很強的抗凝血、抗血栓功能，即抑制Xa和Ⅱa功能。肝素的抗凝血作用機理較為獨特，主要通過與抗凝血酶Ⅲ(ATⅢ)的結合，抑制凝血酶原激活物和凝血酶的形成和活性，從而促進纖維蛋白（血栓）的溶解，並通過抑制血小板的粘附和聚集，間接影響血小板內凝血因子的釋放，所以它在人體內和人體外都有抗凝血作用。除具有抗凝、抗血栓功能外，肝素還具有降血脂、抗動脈粥樣硬化、抗中膜平滑肌細胞（SMC）增生、抗炎、抗過敏、抗病毒、抗癌等多種生物學功能。因此，肝素在醫學上的應用非常廣泛，對多種疾病具有較好的治療作用；
肝素除直接臨床用於抗凝血、抗血栓外，還是生產底分子肝素等各種肝素衍生藥物的原料。